Pembentukan Badan Koordinasi ini digagas pada waktu pelaksanaan Kongres BKPTKI tanggal 22 – 23 Juli 2022 yang dilaksanakan di Universitas Kristen Petra yaitu pada pelaksanaan Focus Group Discussion Kelompok Akademik di Ruang Q 801 yang dihadiri oleh 24 orang. Gagasan tersebut disambut baik oleh Dewan Pengurus BKPTKI dengan menerbitkan SK Pendirian Forum melalui SK bernomor 001/DP-BKPTKI/VII/2022 tertanggal 23 Juli 2022 tentang Pendirian Badan Koordinasi Akademik, Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, Pengelolaan Hibah dan Penguatan Inovasi Pendidikan Tinggi Kristen di Indonesia atau yang disingkat dengan BKAP3-PTKI. Selain menetapkan pendirian BKAP3-PTKI, Dewan Pengurus BKPTKI juga menetapkan jajaran Dewan Pengurus BKAP3-PTKI melalui SK Nomor 002/DP-BKPTKI/VII/2022 tertanggal 23 Juli 2022 tentang Pengangkatan Dewan Pengurus BKAP3-PTKI dengan masa bakti dari tanggal 22 Juli 2022 sampai dengan 31 Juli 2024 yang terdiri atas:

Ketua                                              : Dr. Lidia Sandra, M.Comp.Eng.Sc (Ukrida)

Wakil Ketua                                     : Prof. Dr. Yoel Pasae, ST.,MT (UKI Paulus)

Sekretaris                                        : Dr. Ni Made Diana Erfiani, S.S..M.Hum (Undhira)

Bendahara                                       : Dr. Juliana Anggono, ST.,M.Sc. (UK Petra)

Koor. Inovasi                                   : Dr. Rijanto Purbojo, S.Psi. M.Sc (UPH)

Koor. Akademik                                : Dr. Iwan Setiawan (Ex-officio WRI UKSW)

Koor. MBKM                                     : Dr. Charis Amarantini, M.Si (UKDW)

Koor. Hibah                                      : Ibu Se Tin, SE.,M.Si,Ak.,CA (UK Maranatha)

Koor. Entrepreneurship                     : Bp. Tatas Brotosudarmo, S.Si.,Ph.S (Ciputra)

Koor. Penelitian dan Publikasi Ilmiah  : Dr. Hulman Panjaitan, sH.,MH (UKI)

Koor. Pengabdian kepada Masyarakat : Dr. Godlief Fredrik Neonufa, MT.,SCL (UKAW)

Koor. Penguatan Nilai Ke-Kristenan    : Pdt. Hans Lura, s.Th.,M.Si (UKI Toraja)

Sehubungan dengan berakhirnya masa kerja Ibu Dr. Lidia Sandra, M.Comp.Eng.Sc di UKRIDA maka Dewan Pengurus BKPTKI menerbitkan surat bernomor 026/DP-BK-PTKI/V/2024 tertanggal 30 Mei 2024  perihal Pengurus BKAP3-PTKI dengan menetapkan Prof. Dr. Yoel Pasae, ST.,MT perwakilan dari UKI Paulus untuk menjalankan peran sebagai Plt. Ketua sampai dengan terbentuknya kepengurusan yang baru.